R : reshape2 笔记

 

资料

• Reshaping data with the reshape package
• http://had.co.nz/reshape/
• cran-reshape2.pdf

reshape2 可以将数据转换成你需要的各种格式，各种强大

• melt 指定读入数据的方式，dcast/acast 将数据重组成所需要的格式
• dcast输出data.frame，acast输出vector/matrix/array

参考：aggregation-and-restructuring-data-from-r-in-action/

melt

• id 指定做为键值的列
• measure.var 归并到 variable 的 列，如果不指定就是除了id之外的所有列
• value 在variable指定的列对应的取值

例子：

    #data : subject time age weight height
    # m_data：subject time variable value，其中variable为age/weight/height
    m_data <- melt(data, id=c('subject', 'time'),measure.var = c('age', 'weight', 'height'))

dcast/acast

• data 为已经melt的数据
• formula 指定结果数据的格式
• fun.aggregate 指定聚合的函数
• margins 指定显示统计的行/列
• subset 指定只取某个子集进行统计，例如subset = .(variable==”length”)
• fill 缺失元素的默认值
• value.var 用做值的列

注意：

• … 表示所有没在formula中出现的variables，也就是传到fun.aggregate里面的那些
• . 表示不区分剩余的行or列，直接统计，例如 formula = var ~ .

例子

# r_data : time subject weight age height 将数据变回原来的形状r_data <- cast(m_data, time + subject ~ variable) 

# time, variable, SUBJA, SUBJB  其中SUBJA/SUBJB为subject的取值
 dcast(melt_data,, ... ~ subject) 

# 统计数据总数
cast(ffm, . ~ . , length) 

#按treament分组统计数据
cast(ffm, treatment ~ . , length)

#以rep为一列，按treament取值为行，统计数据
cast(ffm, rep ~ treament, length)

#以 rep、treament为列，统计数据
cast(ffm, rep + treament ~ . , length)

#以 "rep_treament" 的取值为行，统计数据
cast(ffm , . ~ rep + treament, length)

#高维数据
cast(ffm, time ~ variable ~ treament, mean) 

#按variable取值区分，然后按treament为列rep取值为行做分组统计，返回结果的列表的key值为variable的值
 cast(ffm, treament ~ rep | variable, mean)

#加统计行/列
cast(ffm , treament ~ time , sum, margins = TRUE)  

#加统计行/列
cast(ffm, treament + rep ~ time , sum, margins="treatment") 

#统计函数返回多个值,treament  Min. X1st.Qu. Median Mean  X3rd.Qu. Max.
cast(ffm, treament ~ . , summary) 

#treament  1_X1 1_X2 2_X1 2_X2，其中[X1,X2]标识range的上下界
cast(ffm, treament ~ rep, range)  

#效果与range相同， treament 1_min 1_max 2_min 2_max
cast(ffm, treament ~ rep, c(min,max)) 

#treament min_1 min_2 max_1 max_2
cast(ffm, treament ~ result_variable + rep, c(min, max))